朝堂院（ちょうどういん）は、大極殿院の南にある施設である。有位の官人が早朝から出庁して政務を掌る朝参（ちょうさん）、朝政（ちょうせい）の場であり、国家的儀礼の行われる場でもある。遷都の２年後、延暦５（786）年、７月に完成した（『続日本紀』）。東西158.62ｍ、南北164.31ｍ、26,063㎡（約7,898坪）の広さである。北面は回廊と築地（ついじ）、東西両面は築地、南面は翼廊（よくろう）と築地で区画、閤門と同規模の南門を開く。

朝堂院には、東西に４堂ずつ、計８堂の朝堂が配置される。中庭は朝庭（ちょうてい）と呼ばれる。８つの省を統括する太政官以下、事務系行政官、親王たちが朝堂に着座、中庭は儀式の場となる。朝堂院は、長岡京初期には太政官院（だじょうかんいん）と呼ばれ、後に朝堂院と改称された。朝堂は、当時どのような呼称であったか、はっきりしないので、便宜上、北から東・西第一～四堂と呼んでいる。発掘調査により、第一～三堂は、梁間４間（11.84ｍ）、桁行７間（27.3ｍ）の南北棟礎石建物であることがわかった。上屋は二重虹梁蛙又（にじゅうこうりょうかえるまた）構造の切妻屋根と推定されている。第四堂は、西第四堂の発掘調査の結果、梁間４間（11.84ｍ）、桁行10間（39ｍ）と確定した。屋根構造、階段位置については、確定していない。

なお、南門は、昭和29（1954）年12月、長岡京第１回の発掘調査で確認された記念すべき遺跡である。

朝堂院復原模型（向日市文化資料館）